El Colegio Miguel Hidalgo fue fundado en febrero de 1954 a solicitud de Mons. Manuel Urbina, párroco de San Agustín; siendo su fundador el Profr. Ezequiel Nieto Fuenlabrada, enviado a fines de 1953 por los Hermanos Lasallistas; permanece hasta 1958.

A partir de ese año se hicieron presentes los Hermanos Lasallistas hasta fines de 1969. En este año regresa ordenado sacerdote el Padre Ezequiel Nieto Fuenlabrada, incardinado a la Diócesis de Tapachula, quien se hace cargo del Colegio, que pasa a ser de la Diócesis. Estará al frente del colegio como director general hasta el 26 de abril de 1995, fecha en que fallece.

Posteriormente serán directores generales los sacerdotes: Arnulfo Quintanar Monroy (1995- 2011), Isidro Muñoz Roblero (2011-2018), Gonzalo Amarante Vázquez Zavala (2018- ). Desde su fundación ha tenido un equipo de laicos que por vocación y con alta formación profesional se han desempeñado como directivos, docentes y demás colaboradores.

En su historia también han estado presentes dos congregaciones religiosas: Hermanas de la Compañía de Santa Teresa de Jesús, conocidas como Misioneras Teresianas (1990 – 2004) y Misioneras de los Sagrados Corazones de Jesús y de María (2011- ); así como otros sacerdotes diocesanos.